Lorsque la Ligue des Justiciers disparaît et que des méchants envahissent Metropolis, il n'y a qu'une seule équipe capable de résoudre ce mystère : Scooby-Doo et sa bande ! Mais attendez, il y a un nouveau chien en ville - Krypto - le superchien de Superman avec des super-pouvoirs. La Mystery Inc. aura besoin de toute l'aide possible lorsque des fantômes menacent le quartier général de la Ligue des Justiciers.